L’accession du Cameroun à la Souveraineté internationale le 1er janvier 1960, va accélérer le processus de structuration et d’organisation du système national de santé. Ce processus a été entamé trois ans plus tôt par la nomination de Monsieur Adama Haman au poste de Ministre de la Santé dans le Gouvernement dirigé par André Marie Mbida. Lorsque Monsieur Ahmadou Babatoura Ahidjo accède aux fonctions de Premier Ministre le 18 février 1958, le Ministère de la Santé devient Ministère de la Santé et de la Population. Il est alors dirigé par le Ministre d’Etat, Monsieur Arouna NJOYA jusqu’en 1960.
Dès lors, le jeune Etat fraîchement indépendant, va entièrement assurer ses fonctions régaliennes. Aux formations sanitaires existantes comme l’Hôpital Central de Yaoundé et l’Hôpital Laquintinie de Douala, vont s’ajouter de nouvelles structures. En même temps que de nombreuses formations sanitaires sont progressivement créées, les pouvoirs publics s’orientent également vers la formation d’un personnel de santé hautement qualifié. Aussi, assiste-t-on en 1969, à la création du Centre Universitaire des Sciences de la Santé (CUSS), dont le rôle est de former des médecins « qualifiés » et aptes dès la fin des études, à assumer de larges responsabilités en matière de médecine curative et préventive. A la faveur de la réforme Universitaire de janvier 1993, le CUSS devient la Faculté de Médecine et des Sciences Biomédicales. La réforme universitaire consacre également la décentralisation de la formation en médecine au Cameroun. Des Facultés de médecine sont alors créées à l’Université de Douala et à celle de Buéa. Elles sont aujourd’hui opérationnelles.
Depuis 1960, 16 Ministres ont dirigé le Ministère de la Santé. Il s’agit dans l’ordre chronologique de : Pierre Kamdem Minyin, Ministre d’Etat (1960-1961) ; Simon Pierre Tsoungui (1961-1965), Jean Claude Happi, Commissaire Général de la santé et de la population (1965-1970), Bernard Fonlon (1970-1971) ; Paul Fokam Kamga (1971-1980) ; Athanase Eteme Oloa (1980-1983) ; Hubert Nkoulou (1983-1984) ; Victor Anomah Ngu (1984-1988) ; Joseph Mbede (1988-1994) ; Joseph Owona (1994-1996) ; Titus Edzoa (1996-1997) ; Charles Etoundi (1997) ; Gottlieb Lobe Monekosso (1997-2000) ; Laurent Esso (2000-2001) ; Urbain Olanguena Awono (2001-2007) et depuis le 07 septembre 2007, André Mama Fouda.
Certains de ces Ministres ont été secondés dans l’accomplissement de leurs lourdes et sûrement exaltantes missions, soit par des Ministres adjoints : Augustin Ngom Nju (1961-1962) ; Tatah Sakah (1962-1964) ; Delphine Tsanga (1970-1975) ; soit par des vices Ministres : Isabelle Bassong (1984-1988), soit enfin par des Secrétaires d’Etat : Simon Njami Nwandi (1992-1996) et depuis 1996 Alim Hayatou.